ペットの匂い対策として効果的なのは、匂いや汚れを吸収しにくい素材や汚れても部分的に交換できたり洗浄できたりするような材料です。建材メーカーによっては専用の素材を用意している会社もあります。ビ ニール系の素材・タイルカーペット・エコカラット・珪藻土なども良いかと思います。また、ペットのゲージの そば等に高性能の空気清浄機や脱臭機を置くだけでもそれなりの効果はあります。
基本的には、材質がセラミック系のものをお勧めします。タイルでも表面がマットなタイプのものは滑りにくい上にメンテナンスがしやすいです(ただしクッション性がないため骨折等に注意が必要)。ペットが届かない上部には、消臭効果のある漆喰系をお勧めします。それから、素材だけでなく、換気計画が非常に大切です。